Liceul "Unirea" a luat fiinţă la data de 7 ianuarie 1866 prin Ordinul Domnesc nr. 26512 din 10 august 1865, fiind prima unitate de învăţământ secundar din această zonă şi între primele din România.

Peste doi ani, gimnaziul avea deja patru clase şi un mic corp profesoral preocupat de strângerea materialului didactic: aparatură pentru fizică şi chimie, colecţii pentru geografie, istorie şi ştiinţele naturii, o colecţie de monede vechi. Tot atunci se pun şi bazele bibliotecii, cu cele 45 de volume donate de elevi. (În prezent în bibliotecă se numără peste 30.000 de volume)

Şcoala funcţionează fără local propriu până în 1880, când începe construcţia clădirii, iar numele este transformat din "Alexandru Ioan Cuza" în Gimnaziul "Unirea".

În anul 1884-1885, reapare clasa a V-a, iar în următorii ani gimnaziul se transformă în liceu. Acest fapt a fost de mare importanţă, ţinând seama că în toată zona dintre Buzău şi Bârlad nu mai exista o şcoală similară ca grad.

Dupa lungi aşteptări, în anul 1900, liceul se mută în actuala clădire, construită după planurile arhitectului Băicoianu.

În anii ocupaţiei germane din primul război mondial (1917-1918) liceul e transformat în spital şi şcoala îşi încetează activitatea.

În perioada interbelică, baza materială a şcolii se dezvoltă: o sală specială pentru bibliotecă, un amfiteatru de fizică şi chimie, două laboratoare pentru aceleaşi obiecte şi noi săli de clasă. Biblioteca ajunge la 10.000 de volume, iar punctul de atracţie pentru elevi era aparatul de proiectat filme pe care şcoala îl avea din 1920 şi care funcţiona la sfârşit de săptămână. 

Tot în această perioada, mai precis în 1928, ia naştere primul muzeu de istorie şi etnografie din ţinut, instalat în clădirea anexă din faţa şcolii şi iniţiat de profesorul Alexandru Arbore.

Al doilea război mondial, precum şi cutremurul din 1940 au adus pagube însemnate şcolii, clădirea fiind puternic afectată şi pierzându-se sau distrugându-se numeroase cărţi şi materiale didactice.

În perioada comunismului, paranoia industrializării şi tehnicizării a dus ca liceul să decadă prin faptul că a fost transformat din liceu teoretic în liceu industrial.

Seriozitatea şi calitatea învăţământului din Liceul "Unirea" au făcut ca faima lui să depăşească cu mult graniţele judeţului Putna, impunându-se ca unul din cele mai importante repere ale învăţământului secundar dar şi ale vieţii ştiinţifice şi culturale.

Aici au fiinţat:"Liga Culturală" (1891) "Societatea Literară" (1898) "Societatea Filarmonică" (1899) "Revista Noastră" (1912-1914 seria I) "Milcovia" (1930) "Ethos"(1941). Primul muzeu de istorie şi etnografie din ţinutul Putnei, ş.a.

Mari personalităţi ale ştiinţei şi culturii româneşti au fost elevi sau profesori la "Unirea": Stefan Neagoe, Dumitru F. Caian, autorul primei monografii a oraşului Focşani, I. A. Bassarabescu, Ovid Densusianu, scriitor, profesor universitar, distins filolog, C. G. Giurăscu, ilustru istoric, profesor universitar, Gh. Bogdan Duica, critic literar şi scriitor - au fost unii dintre marii profesori ai liceului, iar Anghel Saligny, Simion Mehedinţi, Duiliu Zamfirescu, Ştefan Longinescu, Gh. Longinescu, Ion Diaconu, Ion Nestor, Mihai Steriade, Virgil Huzum, Emanuil Petruţ, Cornel Coman sunt numai câteva dintre numele foştilor iluştri elevi ai liceului. Au fost perioade când titlul de bacalaureat al Liceului "Unirea" era cea mai bună recomandare pentru admiterea în Universitate. Este important faptul că liceul a funcţionat fără întrerupere (cu excepţia situaţiilor de război) de la înfiinţare şi până în prezent, prestigiul său fiind menţinut în toate vremurile prin strădania, dăruirea şi valoarea profesorilor şi elevilor săi. Clădirea în care funcţionează în prezent a fost construită la sfârşitul secolului trecut (dată în funcţiune în anul 1899) şi este inclusă în categoria monumentelor arhitectonice naţionale.

Din anul 1997 instituţiei noastre i s-a atribuit denumirea de Colegiul Naţional "Unirea", decizia Ministerului Educaţiei Naţionale fiind întemeiată pe tradiţia liceului, dar mai ales pe rezultatele din ultimii ani.

Chiar dacă are în spate o valoroasă tradiţie a învăţământului clasic românesc, în ultimii ani Colegiul s-a remarcat printr-o evidentă acomodare la cerinţele învăţământului modern.